Gljivična oboljenja su uglavnom izazvana hladnim i vlažnim uvjetima. Zagušenje biljaka može biti uzrokovano različitim organizmima. Napad bolesti vidljiv je na mladicama no vrlo često bolest uništava cijelu biljku u vrlo kratkom periodu. Sve počinje sa listovima, novim izdancima korijenja i listova koji počinju po sebi dobivati purpurno do purpurno smeđe dijelove orubljenje žutim marginama koji se mogu lako odstraniti. Ukoliko Vam je biljka iznimno vrijedna, odsijecite sve zaražene dijelove tako da sterilizirate oštricu nakon svakog odrezanog lista. Obrezane dijelove posipajte fungicidom. Kao fungicid možete koristiti i cimet. Ukoliko imate sastojke, fungicid se može napraviti i od preslice (200g preslice namakane u 10 litara vode jedan dan). Ukoliko bolest nije izlječena, potrebno je uništiti biljku jer se ova bolest brzo širi. Fungicidi prvenstveno koriste sintetičke tvari koje prodiru u biljku i djeluju na gljivicu. Postoje čak i fungicidi koji djeluju kao fungicid i inkseticid odjednom te se često koriste za preventivu, npr. Previcur je sistemski fugicid.
Hladni i vlažni uvjeti pomažu gljivici Botrytis koja napada cvjetove orhideja tako da oni postaju nepravilnog oblika ili posuti crnim točkicama. Poboljšanje prozračivanja može eliminirati ovaj problem. Ova bakterija se širi sekretnim medolikim izlučevinama afida na gornjim listovima te će te se ove gljivice riješiti kada se riješite i insekata koji ju proširuju.
Gljivice poput Cercospora, Septoria i Phyllosticta uzrokuju točke na listovima orhideja Cattleya, Dendrobium, Oncidium i Vanda. Točkice su hrapave na opip a ukoliko je biljka jako zaražena, to može dovesti i do umiranja orhideje. Odstranite oštećene listove i sprejajte orhideju fungicidima te joj osigurajte joj što veći protok zraka.
Crno truljenje je posebno agresivna infekcija koja napada Cattleye a uzrokuje ju gljivica Phytophthora. Novi izdanci najednom potpuno pocrne a truljenje se brzo širi i na ostatak biljke. Na ovu bolest su posebice osjetljive orhideje koje su preživjele toplinski stres a prenosi se tokom vlažnog vremena. Oboljenje se prenosi i vodom. Odstranite oštećene listove i sprejajte orhideju fungicidima.
Suho truljenje je uzrokovano gljivicama Fusarium i Rhizoctonia a napada Dendrobiume i Vande. Bolest se očituje tako da listovi Vande počnu otpadati a pseudolukovice Dendrobiuma postanu porozne i šupljikave te ostanu bez boje na nekim mjestima. Za ovu bolest se ne proeporučaju fungicidi jer se smatra da je oboljenje rezultat lošeg uzgoja.